Odmah po osnutku, 1993. godine u Hrvatskom centru za dječju knjigu utemeljena je specijalna zbirka knjiga -  Zaštićeni fond dječje knjige. U proteklih dvadeset godina zbirka se gradi pažljivim izborom iz tekuće produkcije i promišljenom antikvarnom nabavom. Pokriva sve aspekte hrvatske dječje knjige: najbolja ostvarenja pisaca, ilustratora i prevodilaca, prijevode hrvatskih autora na druge jezike te svu prateću literaturu o stvaralaštvu i povijesti knjige za djecu i mladež. Zbirka danas sadrži preko 7000 svezaka. Koristi se isključivo u prostoru knjižnice i namijenjena je stručnjacima i javnosti.