Povijest Zagrabiensie nerazdruživo je vezana uz povijest Gradske knjižnice, u čijem je okrilju nastala i unutar koje se tijekom dugih desetljeća razvijala. Utemeljitelji Gradske knjižnice već u samom početku izdvajaju knjige za tri zbirke starih i rijetkih knjiga: Zagrabiensiu, Croaticu i Raru. Zbirka Zagrabiensia prikupljala je i pohranjivala najstarije tiskane knjige i tiskopise s područja Zagreba, Croatica sa šireg hrvatskog područja, a Rara iz cijele Europe.

1954. godine počinju se iz općeg fonda Gradske knjižnice u posebnu zbirku izdvajati sve knjige i raznovrsna neknjižna građa, koja se sadržajem odnosi na zemljopisnu, povijesnu, etničku, kulturnu, gospodarsku i političku cjelinu Zagreba, a po istim se kriterijima sustavno prikuplja i nova građa. Kriterij uvrštavanja u zbirku također je i zavičajna pripadnost autora gradu Zagrebu - uključeni su autori koji su bilo rođenjem, bilo značajnijim dijelom svojega životopisa vezani uz grad. U tom razdoblju formirana je Zagrabiensia kao zavičajna zbirka u modernom smislu.

U zbirku se također i dalje uvrštavaju starije tiskane knjige na području Zagreba - međutim, one najstarije i najrjeđe pomalo su prešle u zbirku Rara, što vrijedi i za fond zbirke Croatica.

U Zagrabiensii su, kao kuriozitet, zadržane knjige na njemačkom i francuskom jeziku iz prvih zagrebačkih posudbenih knjižara Emila Hirschfelda, Leopolda Hartmanna i Jacobsa Prettnera. Jezgru fonda Zagrabiensie čini tiskana građa od polovice devetnaestog stoljeća nadalje.