Projekt Zelena knjižnica za zeleni Zagreb u Knjižnicama grada Zagreba provodi se od siječnja 2017. godine uz podršku Grada Zagreba. Knjižnica Kustošija pridružila se projektu u travnju 2024. godine.
  
Cilj projekta je educirati javnost o zaštiti okoliša i održivome društvu, a namijenjen je svim dobnim skupinama korisnika te se ostvaruje kroz sljedeće programe:
 
- predavanja i radionice
- predstavljanje knjiga
- projekcije dokumentarnih filmova
- akcije na javnim površinama
- uređenje knjižničnoga prostora i knjižničnoga okoliša
- izložbe

Kreiran je i Zeleni kutak: iz knjižničnog fonda izdvojene su slikovnice, knjige za djecu i mlade s ekološkom tematikom kao i priručnici iz područja ekologije.